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      2. 这是描述信息

        Illumina人850K甲基化芯片

        项目介绍
        参数
        常见问题
        应用案例

         

        Illumina850K甲基化芯片

         

        Illumina甲基化芯片Infinium MethylationEPIC BeadChip(简称850K甲基化芯片),

        在原450K芯片的基础上,推出了新一代的DNA甲基化芯片;

        包含了原450K芯片91%的位点,又增加了413,745个位点(总共853,307CpG位点);

        850K芯片全面覆盖基因启动子区、基因编码区、CpG岛以及增强子区;

        广泛用于复杂疾病甲基化研究,以及大样本EWAS研究的。

         

         

         

        850K芯片技术参数

        针对人基因组,检测853,307CpG位点,覆盖CpG岛、启动子、编码区、开放染色质和增强子;

        同时采用Infinium III探针设计,使检测范围最大化;

        单碱基分辨率,可以直接检测到发生甲基化的确切位点;

        重复性较高,技术重复相关性以及与450K相同探针间的相关性R2 > 0.98;

        起始模板量低,仅需 250ng;适用于FFPE样本。

         

         

        样本类型和要求

        样本类型

        样本要求

        人基因组DNA

        总量≥ 2ug; 浓度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量

        细胞、全血、新鲜冷冻组织等

        按照送样要求准备

        备注:用封口膜密封样品; 干冰运输

         

        信息分析

        850K芯片

        分析内容

        标准分析

        1.原始数据预处理

        2.数据归一化(甲基化位点总表,含注释信息)

        3QC结果(beta值密度曲线,聚类图,PCA图,相关性图)

        4.差异甲基化位点(含注释信息)

        5.差异甲基化位点的染色体分布

        6.差异甲基化位点的基因功能注释与富集

        7.差异甲基化位点的热图展示

        高级分析

        8、特定基因组区段的DMR展示

        9、甲基化与转录的关联分析

        10、其它定制化分析

         

        未找到相应参数组,请于后台属性模板中添加

         

         

        Q1:非人物种是否可以使用850K甲基化芯片?

        Infinium MethylationEPIC BeadChip(简称850k芯片)是专门针对人基因组设计的,不能用于其他物种,比如大小鼠的甲基化检测。

         

        Q2:850K甲基化芯片具有哪些优势?

        Infinium Methylation 450K或者850K BeadChip, 在早期人基因组甲基化研究中发挥了重要作用,以低廉的价格提供全基因组范围的覆盖和高通量的独特组合,使其成为粗筛大样本群体的理想选择(来自徐瑞华主编的《肿瘤学》第五版p73-74)。同时,甲基化芯片检测简便快捷,而且可以检测FFPE样本;而且相对于金标准的亚硫酸盐测序特别是WGBS测序,850K甲基化芯片低廉的价格优势很突出,因此,850K甲基化芯片多用于表观基因组关联分析研究(EWAS。

         

        Q3:850K甲基化芯片具有哪些劣势?

        虽然芯片上的CpG位点多,但多为单个CpG位点,且采用Oligo nucleotide杂交技术,芯片的批次效应(batch effect)有时会较严重,信噪比较差(来自徐瑞华主编的《肿瘤学》第五版p73-74)。

        因此,850K甲基化芯片的劣势主要是体现在技术层面:

        1、在覆盖人全基因组范围的CpG位点数上,850K芯片检测人基因组56M总CpG位点的1.5%左右;覆盖人基因组比例远不及RRBS及WGBS的覆盖比例;

        2、在检测甲基化准确性上,850K芯片< WGBS < RRBS.

        另外,但随着金标准的亚硫酸盐测序WGBS和RRBS测序成本下降,850K芯片的低成本优势越来越不显著。

         

        Q4:850K、WGBSRRBS3种单碱基甲基化检测技术指标比较

         

         

        Q5:850K、WGBSRRBS在不同甲基化研究课题中的推荐指数

        针对不同的甲基化研究课题需求,选择合适的技术方案!同时考虑技术的先进性、成本及研究的主要目的,对大型队列研究、临床样本(库)及细胞系模型等研究方向,不同的推荐,如下图所示:

         

         

         

         

        案例分析:外周血DNA甲基化揭示阿尔茨海默病新的生物标志物

        Harnessing peripheral DNA methylation differences in the Alzheimer's Disease Neuroimaging Initiative (ADNI) to reveal novel biomarkers of disease. Clin Epigenetics. 2020 Jun 15;12(1):84.

        1、研究方案:本课题通过Infinium MethylationEPIC BeadChip甲基化芯片技术检测了653个个体的外周血样本的DNA甲基化信息。通过EWAS进行关联分析。

        2、研究结果:EWAS分析出的最显著的差异甲基化位点与MMSE (Mini Mental State Examination) 得分相关。差异甲基化位点在脑和神经退行性相关基因(例如BDNF、BIN1、APOC1)附近富集。与健康对照组相比,年龄匹配的AD患者的外周差异甲基化可能成为疾病新的生物标志物。

        Fig1、Distribution of cross-diagnosis differential DNA methylation marks across the genome