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        目标区域甲基化测序 (Targeted Bisulfite Sequencing)

        项目介绍
        参数
        常见问题
        应用案例

         

        目标区域甲基化测序(Targeted Bisulfite Sequencing)

         

        除了全基因组甲基化测序技术等研究手段,对于目标基因/CpG位点甲基化检测,需要灵活的靶向甲基化测序方案,

        基于亚硫酸盐多重PCR捕获核心技术和NGS高深度测序的目标区域甲基化测序Targeted Bisulfite Sequencing,

        满足几个到上百个基因/CpG位点的检测, 具有高准确性、高通量、低成本、快周期的优势,

        广泛用于临床样本多位点的甲基化Biomarker筛选、验证及临床转化应用。

         

        技术优势

        基于亚硫酸盐多重PCR扩增捕获测序;

        高效灵活的目标区域甲基化检测方案;

        NGS高深度测序,单碱基分辨率,绝对定量的;

        适合几个到几百个区域/CpG位点同时检测;

        适合广泛的样本类型:血液、组织、病理切片、灌洗液、粪便等;

        低成本、快周期的,超高性价比优势;

         

        核心技术,用心服务每一个项目

        艾斯基因专注表观组学10年,提供专业有价值的DNA甲基化完整解决方案;

        最早开发TBS技术团队之一, 国内首家推出靶向甲基化TBS定制化服务;

        已经完成血液、组织、病理切片、粪便等多种类型,10000+例样本TBS项目经验;

        核心团队在Genome biology、DNA Res等杂志发表多篇SCI论文;

        专业的生物信息分析团队, 提供更多个性化分析思路和方案。

         

        科学方案设计

        从项目方案、样本处理、建库测序,到数据分析;

        每个项目需要专业、有价值的建议;及时高效的沟通,以保障高质量研究成果。

         

        样本类型和要求

        样本类型

        样本要求

        基因组DNA

        总量≥ 200ng; 浓度≥ 10ng/ul; 基于Qubit定量

        细胞、血液、新鲜冷冻组织等

        按照送样要求准备

        备注用封口膜密封样品; 干冰运输

         
         

        数据分析

        TBS

        分析内容

        备注

        标准分析

        1、测序数据质量评估

        过滤掉低质量数据,保证数据质量

        2、与目标区域序列比对

        统计覆盖度分析

        3、CpG位点甲基化水平统计

        评估胞嘧啶甲基化状态

        4、不同样本间甲基化水平比较

        统计甲基化差异

        高级分析

        5、临床病理信息分析

        甲基化与临床信息关联分析

         

         

         

         

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        案例分析1DNA甲基化异常用于甲状腺结节诊断

        Identification of Tissue-Specific DNA Methylation Signatures for Thyroid Nodule Diagnostics. Clin Cancer Res. 2019;15;25(2):544-551.

        本课题通过RRBS检测了109个甲状腺组织的DNA甲基化,发现癌旁、良性结节和癌组织之间存在显著差异,并在65个甲状腺结节的回顾性队列样本中得到验证。这些组织特异性DMR与活性增强子和癌症相关基因密切相关,表明DNA甲基化为甲状腺结节提供准确的诊断。并开发及验证了基于靶向甲基化测序TBS (Target Bisulfite Sequencing) 用于甲基化多位点甲状腺结节诊断的转化应用方案的重要价值。

         

        案例分析2:血清游离DNA甲基化biomarker用于乳腺癌转移早期筛查

        Methylation patterns in serum DNA for early identification of disseminated breast cancer. Genome Med. 2017;22;9(1):115.

        本课题通过RRBS检测了31个样本,其中癌组织(n=8)和白细胞(n=23)的DNA甲基化,筛选出18个癌症特异的DMR, 进一步通过TBS (Targeted Bisulfite Sequencing) 在两个样本库(>1000例)的血浆cfDNA中验证,找到血清EFC#93用于早期识别弥散性乳腺癌的biomarker.

         

        案例分析3:循环肿瘤DNA甲基化biomarker用于肝癌诊断和预后

        Circulating tumour DNA methylation markers for diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma. Nat Mater. 2017;16(11):1155-1161.

        本课题通过TCGA数据库筛选401个甲基化Biomarker, 在1933例血浆中进行基于靶向亚硫酸盐测序(Targeted Bisulfite Sequncing, TBS) ,通过与临床样本信息进行关联分析,最终筛选了10个HCC诊断和8个HCC预后预测的甲基化Biomarker.

         

        案例分析4:乳腺癌中48个基因甲基化普研究

        Methylation pro?ling of 48 candidate genes in tumor and matched normal tissues from breast cancer patients. Breast Cancer Res Treat. 2015;149(3):767-79.

        PubMed文献检索与癌症相关的48个基因,180例乳腺癌患者配对的癌和癌旁组织样本库中,通过TBS (Targeted Bisulfite Sequencing) 检测这48个基因的启动子甲基化,寻找有价值的甲基化标记物;结果聚类分析筛选出13个基因(CST6、DBC1、EGFR、GREM1、GSTP1、IGFBP3、PDGFRB、PPM1E、SFRP1、SFRP2、Sox17、TNFRSF10D和WRN)为候选生物标志物,构建乳腺癌高效率的癌症预测模型。

         

        案例分析5:靶向亚硫酸盐测序发现食管鳞癌甲基化biomarker

        Targeted bisulfite sequencing identified a panel of DNA methylation-based biomarkers for esophageal squamous cell carcinoma (ESCC).Clin Epigenetics. 2017. 15;9:129

        基于TCGA数据库(450K芯片)等数据,第一步筛选了5个潜在甲基化biomarker,第二步通过TBS (Target Bisulfite sequencing) 在94对ESCC样本中验证和评估,由5个CpG位点Panel的诊断模型具有很好的指标(sensitivity=0.75, specificity=0.88, AUC=0.85)

         

         

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